Produksi peptida bioaktif memerlukan pengendalian berbagai faktor penting agar hasilnya efektif dan berkualitas. Proses ini dipengaruhi oleh pemilihan enzim proteolitik seperti pepsin, tripsin, papain, alkalase, atau bromelain, yang masing-masing memiliki karakteristik berbeda dalam memotong rantai protein. Perlakuan fisik seperti ultrasound, tekanan tinggi, atau pemanasan, serta perlakuan kimia dengan asam atau basa kuat, juga dapat membantu hidrolisis, namun perlu dikontrol agar peptida tidak rusak. Kondisi proses seperti suhu optimal untuk setiap enzim, rasio enzim-protein yang seimbang, dan waktu hidrolisis yang tepat sangat menentukan kualitas peptida yang dihasilkan. Peptida bioaktif umumnya berukuran kecil (2–20 asam amino) dengan bioaktivitas spesifik seperti antioksidan, antipertensi, atau antidiabetes, serta kaya akan asam amino tertentu seperti prolin, lisin, arginin, dan asam amino hidrofobik, yang dapat diuji secara in vitro untuk memastikan aktivitas biologisnya.