Modul 2 membahas perlindungan keanekaragaman hayati tingkat lanjut dengan fokus pada implementasi pengelolaan, studi kasus, serta peran berbagai pemangku kepentingan dalam menjaga keberlanjutan flora dan fauna. Peserta diajak memahami berbagai ancaman terhadap keanekaragaman hayati seperti degradasi hutan, perubahan iklim, dan eksploitasi sumber daya alam, untuk kemudian merancang strategi perlindungan yang optimal. Strategi tersebut meliputi konservasi in-situ (melindungi spesies di habitat aslinya), ex-situ (melindungi di luar habitat aslinya seperti kebun binatang atau penangkaran), restorasi ekosistem untuk memulihkan habitat yang rusak, serta pembangunan kawasan konservasi dan ekosistem esensial seperti koridor satwa dan hutan endemik. Upaya-upaya ini diharapkan dapat menjaga dan memulihkan habitat alami agar spesies yang terancam punah dapat berkembang kembali.